據商務部消息，2015年9月，習近平主席在出席聯合國成立70周年系列峰會并主持召開南南合作圓桌會時，宣布將設立南南合作與發展學院等一系列務實合作舉措，贏得國際社會廣泛贊譽和高度評價。為落實好這一承諾，商務部精心謀劃、周密籌備，決定在北京大學設立南南合作與發展學院，開啟面向發展中國家政府官員和社會精英的國家發展專業學歷學位教育培訓。
2016年4月29日，南南合作與發展學院在北京大學國家發展研究院舉行揭牌成立儀式，商務部國際貿易談判副代表張向晨與北京大學黨委書記朱善璐共同為學院揭牌并致辭。致辭中，張向晨對學院未來發展提出了“三個成為”的目標和方向：成為最具吸引力的國家發展研究機構，成為最具潛力的發展中國家高端人才培養基地，成為最具活力的發展中國家溝通交流平臺。
聯合國駐華代表諾德厚、馬達加斯加駐華大使維克托?？颇峒{出席儀式并分別致辭。他們表示，中國政府積極落實習近平主席在2015年聯合國系列峰會上的援助承諾，設立南南合作與發展學院是支持全球可持續發展和南南合作的創舉，必將對全人類進步事業產生深遠影響，充分彰顯了中國政府“言必信、行必果”的負責任大國形象。南南合作與發展學院院長林毅夫，教育部、財政部代表，發展中國家駐華使節代表、援外培訓學員代表、北京大學師生代表等參加活動。
南南合作與發展學院將充分發揮北京大學在人文、社科領域雄厚的師資力量、深厚的歷史積淀和較強的綜合優勢，同時邀請國內、國際知名教授和學科帶頭人為核心組建高水平師資團隊，以政、經、哲、史、管理等多學科交叉研究為特色，采用國際化、全英文教學方式，開設新結構經濟學與政策實踐、發展理論與政策等課程，旨在分享治國理政經驗，幫助其他發展中國家培養高端政府管理人才，共同探索多元化發展道路。2016年，商務部計劃在南南合作與發展學院項下面向發展中國家招收首批國家發展專業3年制10名博士和1年制30名碩士。目前，相關招生遴選工作已全面啟動，首批學員將于秋季入學。
