馬友友為新力古典的專屬音樂家，錄制過近50張專輯風格不一(曾獲13次葛萊美獎)，顯示他的音樂興趣層面之廣。除了古典音樂的大提琴曲目，他也錄制許多由他首演的新作品及專為他所寫的樂曲。此外，他多項跨界的錄音如與巴比-麥菲林合作的“天籟”、與麥爾和歐康諾合作的“民歌的馬友友-阿帕拉契圓舞曲”、演出皮亞左拉作品的“探戈靈魂”等，皆受到廣大聽眾的喜愛。2000年春將計劃發行“阿帕拉契圓舞曲”的續篇“阿帕拉契之旅”。其最新錄音發行“繁花似錦巴洛克”，收錄重新編曲后的巴哈詠嘆調、包凱利尼的協奏曲等，并由庫普曼指揮阿姆斯特丹巴洛克管統樂團擔任管統樂演奏(馬友友的史特拉第瓦里大提琴為巴洛克時代樂器)，另外一張“Solo”則收錄柯大宜、大衛-懷德、齊爾品、盛宗亮等人作品，還包括新編曲獨奏版的歐康諾“阿帕拉契圓舞曲”，整張專輯以無伴奏演出，做為他另一項“絲路”計劃的前奏曲，當中以不同文化的角度，表現漂泊與紮根、創新與傳統等不同主題。盡管馬友友橫跨多種音樂領域，他仍保持古典音樂最暢銷音樂家地位，新專輯一發行便立刻打進“告示牌”古典音樂暢銷名盤，并能在前15名維持很長一段時間，甚至有四張專輯同時在榜上的記錄。