判決后，段振豪和車春蘭都提出上訴。段振豪認為，一審判決認定其貪污的數額過高，應扣除近10萬元不可報銷的公務招待支出、支付給開發網站的學生的勞務費、未經他本人簽字確認的30萬元虛假票據報銷款。在偵查機關介入前，他已向單位紀委部門承認貪污的主要事實，并退還近20萬元，具有自首情節。此外，因單位要求對科研經費“零結余”，他才使用虛假發票報銷的手段平賬，中科院地質與地球所明文規定，課題負責人須在國家有關政策法規或者研究所的規章制度監督下合理支配使用科研經費，而招待費、探親費、額外支付的勞務費、套現的稅費及手續費等項支出均不符合課題科研經費的報銷類目，予以扣減于法無據。

終審維持原判

對此，高院在判決書中指出，中科院地質與地球所明文規定，課題負責人須在國家有關政策法規或者研究所的規章制度監督下合理支配使用科研經費，而招待費、探親費、額外支付的勞務費、套現的稅費及手續費等項支出均不符合課題科研經費的報銷類目，予以扣減于法無據。

根據段振豪、車春蘭的供述及證人證言證實，段振豪指示車春蘭經手履行虛假票據的報銷手續時，需經段振豪確認同意。現段振豪僅以報銷手續上沒有本人簽字為由否認對錢款的個人占有，缺乏事實依據。