按照完善市與區縣分稅制財政管理體制的要求，農民專業合作組織、新農村宣傳等資金和支出責任已經下劃給區縣。但是，2009年市財政局仍然安排給區縣相關補助資金3065萬元。2009年市財政局將預撥區縣2010年殘疾人三項生活困難補助資金1288萬元，列入當年支出，影響了當年財政收支決算的準確性。

北京市發改委：

防洪費征收手續費錯入投資計劃

審計報告提出，市發展改革委在市政府投資計劃中，安排了防洪費征收手續費和節能推廣工作管理經費，共計758萬元。這種做法不符合財政預算管理要求，也不利于合理安排使用市級基本建設資金。

北京市地稅局：

18件案件欠稅統計不準

審計報告指出，市地稅局部分稅收減免管理信息反映不夠完整，部分區縣地稅局未嚴格按照規定設置、填制減免稅臺賬，使地稅部門不能完全掌握企業實際享受減免稅情況。個別區縣地稅局還批準部分不符合條件的納稅人，享受了安置自主擇業軍隊轉業干部減免稅政策。

稅收計會報表中對部分稅務檢查案件形成的欠稅，反映不夠準確，有18件檢查案件存在欠稅統計不準確的情況。此外，北京廣廈京都置業有限公司在經過稅務檢查后，應補繳稅款3010萬元。在尚未補繳稅款的情況下，該公司變更了注冊地，市和有關區縣地稅局對其欠稅未及時追繳，也未采取相應管理措施。

延伸審計22戶房地產企業，其中18戶企業存在涉稅問題，共查出應繳未繳各項稅款1160萬元。